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篇幅既短，观点也未尖锐，因此尚不太受人注目，还没有后来被誉为“香江第一健笔”的魅力和影响。
最初几月内，金庸便忙着招兵买马，聘得几位出色人才。其中有雷炜坡，当时在晶报当记者，被金庸拉来做采访主任，他以柳鸣莺为笔名写的“伶星专栏”专写明星的爱情生活等花边新闻，很受欢迎。另外明报早期的“招牌菜”还有简而清以简老八笔名写的马经，汪昆以“识途老狗”为笔名写的澳门狗经。
不过在初期，金庸的武侠写作，仍是报纸的主要支柱：后来倪匡说“明报不倒闭，全靠金庸的武侠小说。”
神雕侠侣是承接射雕英雄传的故事，其江湖世界也顺理成章地继承了上一部的设定；不过射雕英雄传的主角郭靖、黄蓉在这本书里已经年届中年退居二线，书中主要写的是前书中人物杨康之子杨过的成长，和他与小龙女感天动地的爱情故事。
神雕最大的主题是“情”强调个人的情爱的自由和个性的解放，因此我们可以发现“情”在金庸作品中的分量较之以前加大了许多。这部书以失恋之李莫愁、武三通开始，引出层层人物，而到杨过、小龙女二人。杨过是其父母爱情悲剧的产物，而小龙女之师祖林朝英与王重阳，亦终生因爱情而痛苦。到了杨过、小龙女，由于师徒相恋，不为世俗所容，乃至重重曲折后方成眷属。这个主题是射雕的主题的反写；强调的是一种个人的、自我的欲望，杨过最后放弃了“大侠”的功业而和爱人隐居，是遵从了小龙女的个性和愿望，比起射雕所坚持的“侠之大者，为国为民”神雕更突出一种属于女性和弱者的声音。
与此同时，飞狐外传也在明报的附属刊物武侠与历史上连载。这份杂志上兼顾武侠小说和历史小说，也连载过很多不错的作品，除金庸的飞狐外传外，还有他的中篇鸳鸯刀、古龙的中期转型代表作绝代双骄等。由于种种原因，它后来停刊了，颇为可惜。
同时写作两本武侠小说，是金庸最艰难的时期。这两本小说都与金庸早期作品有关，神雕侠侣是“后续”而飞狐外传则是“补完”在飞狐外传中，金庸借用他早期作品雪山飞狐的情节，将在那本小说中退居次位的胡斐形象补充得更丰满而完整，如果说郭靖是金庸笔下的“为国为民”的“侠”的理想的化身，胡斐则是金庸“锄强扶弱”的理想的化身。他可以为素不相识的一家三口打抱不平，不为所爱之人的求恳所动。
神雕侠侣告捷后，金庸开始写他的另一部小说倚天屠龙记。射雕英雄传、神雕侠侣和倚天屠龙记这三部小说按时间先后而下，有内容的延续性，因此后来被合称为“射雕三部曲”前一部书中的人物和他们的后代在后一部书出现，而推动后一部书中主人公命运的发展，使金庸的武侠世界变得更完整而丰富。
倚天屠龙记的最大突破，是其中对于“正邪”的融合与思考。武侠世界中从来正邪不两立，邪不压正是武侠的根本原则。然而，金庸试图从更加人性化和更加真实的层面上，来考察“正邪”的观念和现实的矛盾，人性中善与恶的矛盾。这种正邪的辩难在他从前的作品中已经出现过，譬如亦正亦邪的人物夏雪宜、黄药师等。但是，这些人都只是“个体”把它放到群体和社会的范围来考察，探讨正邪与人性的关系和转化，则是至倚天始大成。当时这样的小说，对于许多人来说，是一个巨大的冲击，杀人无数的金毛狮王竟与正派主角张无忌感情深厚，张无忌又当上了被认为是邪教的明教的教主，并与敌国的郡主赵敏发生恋爱，而正派的灭绝师太刚愎好杀，周芷若暗藏心机金庸后来解释说：“在倚天屠龙记中，我要写的确是我对人生一种看法，想表达一个主题，说明这世界上所谓正的邪的，好的坏的，这些观念有时很难区分。人生其实很复杂，命运跟遭遇千变万化，如果照一定的模式去描写的话，就太将人生简单化了。”
这种“正邪转化”的观念造成金庸笔下人物形象的丰富与复杂性，而在他写的所有人物形象中，也多以正邪参半的形象最有魅力——在倚天屠龙记里，殷素素、杨逍、赵敏这样的形象，远比正派的张翠山、张无忌父子令人喜爱而印象深刻。也许，这类在性格上不失真诚性情，有“正”的一面，而又不受世俗约束，有任性放纵的“邪”的一面的人物，其实恰恰是武侠小说中最典型最具代表性的形象。他们身上，既体现了武侠小说放纵性情，超凡脱俗的魅力，又体现了武侠小说对抗法治，滥杀无制的危险。这种“危险的放纵”是武侠带给我们的一个梦，也是武侠最常遇到的一个质疑；到底武侠能够将这个梦发挥到什么地步，又需要什么底线为限制，事实上，也是武侠小说至今仍然面临着的问题。
这部作品中的女主角赵敏和周芷若，金庸以为，都是心机太深而不讨人喜欢的。不过，这部作品中描写感情最美好的地方却是男子之间的情义。张三丰的武当派成为金庸笔下最富有温情和人性的门派，也为武侠小说世界里所少见。
而后来金庸修订的时候，仍然觉得自己当时的感受太过肤浅；经历了更多年的风风雨雨后，他感伤地道：“真实人生中不是这样的。因为那时我还不明白。”
从神雕到倚天，说这几部武侠小说为明报打稳了基础，应不为过。但是明报权威性的建立，却是依靠它的社评——之后，明报成为华文报纸中的著名大报，金庸和他的社评起着决定性的关键影响。
1962年，正是中国大陆三年自然灾害时期。当时中国民众面临建国以来最大的生存困难，在饥饿的逼迫下，大批大陆人，特别是广东一带，采取了偷渡香港以求生的方式。当时香港居民已经有三百多万，自然承受不住如此大批偷渡者带来的压力，为了缓和越发紧张的港内经济矛盾，香港当局用强硬手段将大陆移民押运回深圳，但是仍然无法阻拦移民持续大批涌入。这便是香港历史上的“逃亡潮”事件。
在事件早期，明报保持着平静和观望的态度。对于与政治关系密切的问题，金庸出于小心不希望介入。随后，事情越来越大，明报也开始以比较客观和淡漠的态度来做少量一般报道。但是，随着事态的发展，采写新闻的记者们深入底层看到移民的悲惨生活时，都异常激动，要求对移民给予更强烈的关注和帮助；金庸在深思熟虑后，做出了真实报道这桩事件一切真相，并争取为移民提供帮助的决定。明报在这场移民潮中，为移民募捐到大批救援物资，对移民给予了大量同情与援助。
但是在态度上，明报则站在港府一边，金庸认为，对于整个香港的实际利益来说，大批移民的涌入，无疑是一场灾难，假如不予解决，便会给港民带来极大灾祸，因此，他支持港府的遣返政策，并批评大陆政府对移民潮的纵容。这便与大公报的左派立场产生了分歧，大公报也多次发表文章批评金庸与明报。由于这场争论关系到香港市民的切身利益，明报的发行量直线上升，自移民潮和笔战大公报之后，发行量从一万几千份上升到四万份，报纸也由小报规模扩展为两大张。
明报事业稳定下来，金庸的武侠小说创作事业也随之并进。1963年，他在明报上连载天龙八部，这是他结构最庞大，人物关系最多样而复杂的一部小说，非具有强大操控力不能为。
天龙八部连载期间，金庸受邀赴伦敦参加国际新闻协会主办的会议，并预备顺便在欧洲做一次长途旅行，而此时天龙八部尚在连载中，不可能长期停载，在这种情况下，金庸决定找人代笔，这个人便是著名武侠、推理、科幻小说家倪匡。倪匡对金庸推崇备至，曾经说过“没有人可以代写金庸小说”于是，金庸找到倪匡，而当时在场的还有著名作家董千里先生。
金庸当时说得很技巧：“倪匡，请你代写三四十天，不必照原来的情节，你可以去自由发展。”
倪匡自己说他当时的想法：“这等于是说：千万不可损及原著，你自管去写你自己的好了！换了别人，或许会生气。但我不会，高兴还来不及！若是连自己作品和金庸作品之间有好几百万光年距离这点都不明白，那是白痴了，幸好还算聪明，所以一点不生气，连连点头答应。”而金庸又说：“老董的文字，较洗练，简洁而有力，文字的组织能力又高，你的稿子写好之后，我想请老董看一遍，改过之后再见报！”而倪匡的想法是：“这等于说：倪匡你的文字不好，虽然任由发展，还是不放心，要找人在旁监督，以防万一出毛病。换了别人，又可能会生气，但我不会。因为金庸所说是实，董千里先生文字之简炼有力，海内外共睹，能得到他的帮助，对我今后小说创作的文字运用方面，可以有很大的改进，所以欣然答应。”
于是“代写”之事，终于敲定，倪匡虽得了这个“自由发挥”权，但是自言写得也是战战兢兢，等金庸欧游归来，大概写有六万字左右，基本都控制在不影响原著进展的范围内，后来修改时，金庸为保持他本人一贯风格统一，征得倪匡同意，将这一部分完全删除。不过倪匡为人，喜出奇招，见到金庸第一句话，便是：“对不起，我将阿紫的眼睛弄瞎了！”原来他说他讨厌阿紫其人，所以令她瞎眼。如此说来，倪匡代写之时，必定还是有其任性发挥的地方，而阿紫瞎眼，则是其中影响全局最大的一处了。
金庸无可奈何，也得接受，但是他自有主意，围绕阿紫眼睛，失而复得，得而再还，把她与游坦之之间的情爱纠葛写得更加动人“凄楚、恋情、偏激、浪漫，都发挥到了淋漓尽致的地步”竟成一个意外收获，金庸功力，可见非凡。
后来倪匡一直以此经历为得意，曾自撰一联，上联是：“屡替张彻编剧本”下联是：“曾代金庸写小说”其实倪匡本人，作为小说家也享有盛名，这样一副对联，只是表示他对此二人的推崇而已。
1965年，为了适应面向文化层次较高的读者的需要，金庸创办了明报月刊，以文化、学术、思想为主，标榜“独立，自由，宽容”大陆“文化大革命”期间，明报抓住了这个时机，发表大量报道和评论来详细讨论“文革”的走向，分析“文革”的本质，并以其准确的透视力和预测力成为“中国报道权威”金庸也成为与左派对立的右派媒体代表，而赢得“香港第一健笔”之称。
1967年，在“左”倾思潮和“左派”势力影响下，香港的劳资纠纷逐渐扩大成为与政府和社会对抗的暴动事件，这就是香港的“六七暴动”而金庸也成为“左派”攻击对象，不得不远走瑞士避难。然而，祸福相因，在这种冲击中，明报的销量也从五万份激增到八万份。
“六七”之后，香港政治经济趋于好转。金庸开始投入发展明报事业。此后金庸在明报月刊之外，又先后增办了新明日报星马版、明报周刊、明报晚报、财经日报等报纸杂志，后来又创办了明窗、明河、明远三家出版社，把明报拓展成一个报业集团。其中，明报周刊以娱乐周刊起家，在著名娱乐新闻采写人雷炜坡手下蒸蒸日上，成为明报集团除明报外赢利最高的刊物，1973年李小龙死亡事件后，已稳坐香港娱乐周刊的第一把交椅。
而明报手下，更是人才济济，如潘粤生、陈非、雷炜坡、汪济、王琳、司马长风、孙淡宁（农妇），张续良、胡菊人、王司马、林三木、王世瑜、李文庸（慕容公子）、董梦妮等，皆先后在金庸麾下冲锋陷阵。金庸之用人，有“才”——慧眼识珠提拔英俊；有“情”——真情相待平等共处；有“识”——眼光远大谋划全局；有“度”——宽宏大量不计小怨，尤其为人所称道。
明报晚报前身为华人夜报，20世纪60年代末创办不久后金庸便把它交给了王世瑜。据明报老职员说，王世瑜初入明报，职位只是信差。但这个信差，聪明勤勉，甚获金庸欢心，很快就由信差，升为校对，助理编辑，编辑，而到最后，更被升任华人夜报的总编辑，升职之快，堪称一时无二。但是由于办报宗旨遭到金庸夫人的反对，争执之下辞职，转投新报。当时他年少气盛，便常在报上拿金庸开玩笑，语多不敬，金庸也只是一笑了之。后来王世瑜自办新夜报，大赚一笔，赚钱后便卖掉报纸，举家移民加拿大。金庸听说他不办报了，立刻邀请他回来重新加盟明报，任明报晚报和财经日报的社长，重新收归旗下。王世瑜后来对金庸的评语是：“深懂用人之道，懂得放手让下属办事，三十多年来我从未见他辞退过一名员工，或骂过一名下属，但公司的同事对他都很尊敬。”
王世瑜外，有林三木。林三木在明报，起初只是资料室的小职员，得到金庸赏识而被保送到英国留学，归来立刻出任明报晚报的副总编辑，后来总编辑潘粤生去了新加坡新明日报，林三木又升任总编，恰值股市狂潮，明报晚报时为全港独一无二的经济报纸，于是一纸风行，销路达好几万份。林三木便打算自立山头，另开事业，最终脱离明报，自创信报，成为明报晚报的最大竞争对手。因此，许多人都认为林三木对于金庸，太过忘恩负义，然而，金庸却反而替林三木辩解：“人望高处，水望低流，林三木有这么好的成就，我也高兴。”
后来，在许多宴会场合，金庸都会遇到林三木，他一见林三木，一定会走过去握手，很客气地称呼他做“林先生”而不似一般老板直呼旧职员的名字。
这段期间内，金庸的武侠小说创作达到了顶峰。
在此期间，发生过一件金梁“笔战”的往事，可以说是两大武侠作家在创作基本理念上的一次碰撞。1966年1月香港海光文艺创刊号发表了一篇文章，金庸梁羽生合论，署名佟硕之（后来知为梁羽生的笔名）。这篇文章比较了金梁作品的异同，说：
“梁羽生的名士气味甚浓（中国式的），而金庸则是现代的‘洋才子’。梁羽生受中国传统文化（包括诗词、小说、历史等等）的影响较深，而金庸接受西方文艺（包括电影）的影响较重。”
随后，在分析二人各自优缺点的时候，此文对于金庸提出了以下的批评：
“武”的方面，其一，情节跌宕起伏，变化多端，固然是好事，但是有时便不免于不合理情节，而有些更是伤于人物，并非必要。（当时金庸尚未写到段誉身世之谜，故而此文将木婉清和段誉的恋爱以为果然乱伦，于是也算在其中。不过段誉身世之谜太过离奇巧合，纵然梁羽生后来知道金庸真正的安排，恐怕也不免诟病。）
其二，诗词修养不够，犯了一些平仄和史学上的毛病，如书剑恩仇录的回目不合古典诗文平仄，射雕中黄蓉的“宋代才女唱元曲”等。
其三，一些武侠技击写得太过离奇，令人不可相信，如天山童姥、六脉神剑这样的设计，已经近于神怪之道。
“侠”的方面，金庸常邪正不分，混淆大是大非。例如无龙八部中，金庸捧“大杀宋国忠义之士，官居契丹南院大王”的乔峰为英雄，不知为何。
“情”的方面，金庸的爱情描写较为单一，常常发生莫名其妙的多角恋爱，没有深厚的心理基础。
金庸对这批评想法如何，他自己一直没有提起，但是对于梁羽生批评他最主要的部分，也就是“邪正不分”这点上，金庸当时显然是不服气的。在海光文艺第四期，他写了一篇两千多字的小文一个“讲故事的人”的自白，虽然含蓄，却可看出是对合论的一个回应。在这篇文章里，我们也可看出金庸在创作武侠时的一些基本理念，他说：
“我只是一个‘讲故事人’（好比宋代的‘说话人’，近代的‘说书先生’）。我只求把故事讲得生动热闹我自幼便爱读武侠小说，写这种小说，自己当作一种娱乐，自娱之余，复以娱人（当然也有金钱上的报酬）
我以为小说主要是刻画一些人物，讲一个故事，描写某种环境和气氛。小说本身虽然不可避免地会表达作者的思想，但作者不必故意将人物、故事、背景去迁就某种思想和政策。
我以为武侠小说和京剧、评弹、舞蹈、音乐等等相同，主要作用是求赏心悦目，或是悦耳动听。武侠小说毕竟没有多大艺术价值，如果一定要提得高一点来说，那是求表达一种感情，刻画一种个性，描写人的生活或是生命，和政治思想、宗教意识、科学上的正误、道德上的是非等等，不必求统一或关联。艺术主要是求美、求感动人，其目的既非宣扬真理，也不是明辨是非。”
从这篇小文里，我们可以看出金庸创作期间对于武侠的态度：对他来说，武侠小说只是一种娱乐手段，而他致力而为的，也只是提升这种作品的艺术价值而已。他想要写的，不过是“求美，求感动人”而不愿意将它纳入教化体系而成为苦差。之后他在天龙八部里对于乔峰形象的塑造，正是对这个观点的一个阐明：当时梁羽生没有预料到，被他批评过的乔峰，身上的异族血统和暴烈个性，使他的个性和面临的处境更加深刻而复杂，而最终乔峰（萧峰）以杀身取义之行为，用自己的生命为宋辽换得短暂的和平，更使他的形象升华到金庸笔下当之无愧的第一大英雄之位。在乔峰的身上，契丹和汉族的混淆倒置，反倒使这个人物跨越了狭隘的民族观念，而具备了更高的意义。
天龙八部为陈世骧评为：“无人不冤，有情皆孽”是金庸写“情孽”写到极致的一篇小说，也是他对于“情”的一次探讨之旅。在这部书里，充满了人性的挣扎与矛盾，每个人都为自己的欲望和感情所困扰，而金庸用来解决的方法，则是佛法的超度和解脱——一些人物因为深受佛法熏陶而拥有心灵平静和完满人格，获得幸福圆满的结局，例如段誉、虚竹；一些人物则在忏悔中以出家或者死亡解脱。甚至，这本书里，几个最大的“恶魔”都获得了在佛法中悔过的结局：如慕容博、萧远山、鸠摩智，甚至是星宿老怪丁春秋。
然而一方面是体悟与升华，忏悔与救赎；另一方面也是不可改变与痛苦；在无名老僧的教化之外，有两类人不能为佛法所超度：一种是如萧峰这样的大英雄大侠士，不能也不肯用佛法为心中的问题寻求简单的答案，最终不得不为此付出悲剧的代价；另一种是阿紫、游坦之间或慕容复这种执著于“情”或“欲”的凡人，他们宁愿选择与他们的爱情或者欲望共生，或者共灭——阿紫与游坦之选择了各自的殉情方式，而甚至最富慈悲心的段誉也放弃将慕容复接至大理的念头：“我觉得他们可怜，其实他们心中，焉知不是心满意足？”
这样纠缠转化，难判难定的爱欲之谜，使作品具有了更加深沉含蓄的意味。
20世纪60年代末期，金庸思想理念都更加趋于成熟，创作因为摆脱经济压力，自由度也更大，因此作品中便加入了更多对于人性和政治、社会、文化的思考。这个阶段他写出了他的最后两部长篇：笑傲江湖与鹿鼎记。这两部长篇小说无论在新派武侠史或者金庸本人的创作史上，无疑都占有极其重要的地位。
关于写作笑傲江湖的动机，金庸曾这样说过：“写笑傲江湖的那几年，‘文化大革命’夺权斗争正在进行得如火如荼，当权派和造反派为了争权夺利，无所不用其极，人性的卑污集中地呈现。我每天为明报写社评，对政治中龌龊行径的强烈反感，自然而然地反映在每天撰写一段的武侠小说之中。”
然而，这并不是一部影射攻击性的作品，正如金庸所说，他想要做到的是“通过书中的一些人物，企图刻画中国三千多年来政治生活中的若干普遍现象”这是金庸作品中惟一不涉历史背景的一部，金庸借了这样的写法，正要阐释，这本书里所写的，不是一朝一代的兴亡离合，而是主宰中国三千多年的普遍欲望。
这是一部关于“权力”的小说，主人公令狐冲，是一个“权力”的旁观者，他对权力没有欲望，然而却置身于许多权力斗争的中心，参与了华山派、嵩山派、少林派、日月神教等许多门派的权力之争。通过他的眼睛，我们看到一幅政治旋涡中的人物长卷：贪婪者为权力欲控制而堕落为恶；弱小者为强权迫害而身家难保；上位者为欲望迷惑，失权夺权皆如一梦；边缘者为权力播弄，求离不得求存不能而又演出灭门破家、夫妻怀恨、师友相残的悲剧。倚天屠龙记的正邪困惑，在此发展到极致：一旦被贪欲所控制，无沦是“正派”还是“邪教”都无法逃脱这一人性的枷锁，左冷禅、岳不群、东方不败、任我行，无论怎样的君子掌门，英雄枭杰，都为了权力二字，成了自己欲望的可怜、可悲、可笑的牺牲品。有人说，读笑傲令人心冷，诚然。而令狐冲，则是在这场悲剧中，几乎惟一保持了清醒和主动的人，最终得以退出旋涡，携爱隐世。然而，这种退隐的代价，也是他失去了本来如同亲人般的师父、师母和满门师兄弟，失去了曾经深爱过的小师妹，失去了许多正派邪派的好友尊长，在令狐冲和任盈盈终成眷属、曲终奏雅的另一面，是无可奈何独善其身的悲凉。
笑傲江湖在明报连载之时，西贡的中文报、越文报和法文报有二十一家同时连载。南越国会中辩论之时，常有议员指责对方是“岳不群”(伪君子)或“左冷禅”(企图建立霸权者)，影响之大，可见一斑。
而鹿鼎记一出，则在读者中掀起一场大骚动，甚至有许多读者写信来提出这部书是否金庸所写的疑问。金庸自己觉得：“鹿鼎记已经不太像武侠小说，毋宁说它是历史小说。”鹿鼎记最令人困惑之处，便是这本书的主人公，已经不是传统武侠小说中的大英雄大侠客，而武林在皇权和官府面前，也显得异常无力“武侠”的英雄气概，洒脱胸怀，一下子间，仿佛被颠覆掉了。
这个主角韦小宝，用一句话概括说，是一个“市井小混混”他经历奇特，但是本质平凡，与从前的侠客们相比，他不具备远大志向和高尚品格，人生目标非常简单：第一，生存，第二，金钱与美女。但是，就是这样一个卑微的小人物，违背一切理想原则，却符合一切现实条件。他虽然不符合武侠的国家理想，却满足了人们在阅读武侠小说中寄托的一切私人欲望：财富、美女、主宰他人的权力、成名他虽然在“道德”上，违背了许多侠客的基本信条，却因为在“人情”一面异常周到而讨人喜欢。因此，甚至连金庸自己都难以对这个人物进行定位了。他写韦小宝这小家伙，既承认他身上可爱重义气一面，又强调他违反道德的一面。而他对于韦小宝的态度，恰恰体现的便是这种“道德”与“人情”的矛盾。他既称韦小宝为“这小家伙”口气自然是异常爱护：“我写鹿鼎记写了五分之一，便已把韦小宝这小家伙当作了好朋友，多所纵容，颇加袒护，中国人重情不重理的坏习气发作了。”但是写这篇文章的时候，金庸已颇有道德教化之心，对于人性与现实之外，需不需要承担道德职能，显得动摇困惑起来了，所以又要强调：对于中国的处境“韦小宝作风”还是少一点为妙。
作为小说家来说，金庸本不必承担笔下人物的教化功能。当年回答论难时所理直气壮地坚持的“艺术主要是求美、求感动人，其目的既非宣扬真理，也不是明辨是非”到了他晚年，看来已经有所修正和改变。后来他封笔多年之后，号召青少年要做郭靖、令狐冲，不要做韦小宝，则更是以说教代小说，作为文化名流，这样的号召本无可厚非，但是身为人物的创造者，还要做出这样的号召，就不免显得虚弱无力，顾盼踌躇了。
这其实是武侠小说长期面临的一个质疑：武侠是不是在“诲淫诲盗”？武侠小说自出生始，是否要为其中的负面因素负责？读者接受作品中的什么，跟作者是否有关？当金庸是个商业性作者的时候，他可以完全不顾及这些，只在意自己的创作艺术；但是，当他一旦成为社会名流，被尊为武侠大宗师之时呢，他是否会改弦更张，皈依“正”途？
我们无法猜测金庸当时和如今的想法。但是，可以肯定的是，随着金庸的名望日重，他开始将他本来所轻视的武侠创作当作正经文学来对待，或者至少，尽管他仍对通俗小说这种体裁在文学史上的地位相当轻视，认为武伙小说本身“算不了什么”却也在试图使“金氏武侠”成为超越于其他各家武侠小说的存在。1972年底，金庸宣布：“如果没有什么意外，鹿鼎记是我最后的一部武侠小说了。”然后，金庸用了十年的时间，精心修改每一部作品，逐次出版。
在武侠之外，金庸对于“历史”和“学识”非常执著。当年金庸梁羽生合论批评他在文史修养方面的不足，金庸当时并未正面回答，但是修订的时候，他便十分在意。书剑恩仇录中的回目被重新写过，而神雕中黄蓉唱曲的部分，虽未删除，却多加注释解说。倚天等作品的回目，用诗词加以重新写过，而金庸对于历史考据的癖好和为此加上的许多注释，则几乎到了令人诟病的地步，如鹿鼎记中，对于人物形象完全虚构的建宁公主实有其人的考证，就颇不必要。但是，另一方面，小说中的历史感的增加，对小说的艺术水平有所补益，例如碧血剑中加入大篇幅关于历史的思考，成为碧血剑的重要艺术价值所在。而李自成纵兵入都，李岩蒙冤身死之事，写得尤为沉痛，常被认为是碧血剑一书中最精彩的段落之一。
除去删掉天龙八部中倪匡代写的文字外，在情节和人物上，金庸也做了相当大的改动。一种是对于过于离奇的情节的删减，如倚天屠龙记中的“玉面火猴”射雕英雄传中的“捕捉血鸟”、“蛙蛤大战”另外一种是对于故事发展因果和人物行为的再解释和再叙述。如书剑恩仇录铁胆庄周仲英杀子一事，由原来的小儿周英杰受千里镜诱惑告密，周仲英为义亲手杀子，改为周英杰被激失言，周仲英一怒之下误杀亲子。旧版中这个情节，与梅里美的小说中某情节很相似，金庸或许是因为此原因才将它改去；但是这样一改，固然消减了原来的残忍可怕色彩，但是也使这个情节失去了原来的冲击力，显得颇为多余。又如射雕英雄传中，杨过的母亲本为捕蛇少女秦南琴，为杨康强暴生子，而杨康所爱的穆念慈则在杨康死时自杀殉情。新版则改去殉情一节，将她们二人合而为一，使情节更为紧凑，但也有人认为，却使这段情孽失去了旧版的哀婉动人的色彩。
旧版新版优劣之争，历来是永恒话题，争论不休，大家往往以各有千秋的话来调和。而论实际喜爱，则大半与感情有关，以自己第一次看到的版本先入为主。金庸在报纸上连载时的老读者，便大多钟情旧版，认为旧版率性而来，生动自然；而读到出版版本的金迷，则多钟情修订版本，觉得新版用心良苦，严谨精密。
到1982年，金庸作品集全部出齐，金庸将他十四部长篇每篇取首字，自撰一联为“飞雪连天射白鹿，笑书神侠倚碧鸳”包含他十四部中长篇小说，依次为飞狐外传、雪山飞狐、连城诀、天龙八部、射雕英雄传、白马啸西风、鹿鼎记、笑傲江湖、书剑恩仇录、神雕侠侣、侠客行、倚天屠龙记、碧血剑、鸳鸯刀，再加他惟一的一个武侠短篇越女剑，共十五种三十六册。此时，金庸五十八岁。
有趣的一点是，金庸第一部武侠小说书剑恩仇录的主角，为生于海宁世家的书生侠客陈家洛，最后一部武侠小说鹿鼎记的主角，则为生于扬州妓院的小混混“反侠”韦小宝。尽管两人个性、品格、成败都完全形成鲜明对比，却都是出身于金庸所眷爱的江南，而金庸的武侠生涯，从写“书生救世”到写“玩世不恭”也始于斯而终于斯。后来，虽然多次出现他要重拾侠笔的传闻，以及他也曾说过，有写一本历史小说的打算，但是，最终都再也未成事实。
随着明报事业蒸蒸日上，武侠小说风行于世，中年以后，金庸成了社会文化名流，于新闻界与文艺界皆有重要影响，也是大陆和台湾都想结交的文化朋友。20世纪70年代中期后，金庸数次受邀访问台湾与大陆，与政要进行会谈，并渐渐参与高层政治活动。
1973年，金庸应邀访问台湾，与蒋经国、严家淦进行会淡。当时他声称自己是以明报新闻记者的身份，而非明报社长和武侠小说家的身份。这二人都是“金庸迷”但会谈中涉及问题，皆是关系到海峡两岸未来的重大政治问题。回港之后，金庸在明报上连载了他的名为在台所见所闻所思的旅行散记，记录了他在台湾的见闻，也阐发了他关于台湾地区乃至整个中国现状和未来的思考。
“文革”结束，十—届三中全会召开之后，明报密切关注大陆的改革政策，大量报道了改革的巨大成果，对改革开放政策和经济建设表示了支持。因此，1981年7月，金庸应邀访问大陆。
在人民大会堂，金庸与邓小平进行了长淡。邓小平作为政治家的自信、睿智，对历史和现实的清醒与明察，给金庸留下了深刻的印象，对中国政府也有了更加深入的了解。
会见过邓小平后，金庸偕妻子儿女回到了阔别三十年的家乡。故人相见，自有一番感慨唏嘘。而后，金庸游览各地风光，饱赏了许多他曾在笔下描写过，却长期无缘得见的奇丽景色。在新疆天池边上，他惊喜地从维吾尔族孩子的手里，看到了他曾在小说中描写过的，陈家洛冒着生命危险为喀丝丽采来的天山雪莲，好奇之心大起，便用一块钱买了两朵，带回香港。
其后，金庸频频涉足高层政治活动。1984年，他再度应邀访问北京，与胡耀邦、胡启立、王兆国等会谈，这些党内高级领导人，也给他留下了良好的印象。在看到大陆的经济与民生状况都有了大幅度改善之后，明报对大陆的态度开始从对立向友好转化，接受中新社提供的官方报道，对大陆的感情倾向也改为褒多贬少。
在和邓小平、廖承志等人会谈之后，金庸逐渐了解到中国政府对于香港的态度，并决定通过自己和明报的力量，为香港回归祖国尽力，投身于香港回归祖国的事业之中。因此，1985年，中方委任金庸为香港基本法起草委员会委员，并担任“政治体制”小组负责人，成为政制方案的主要起草者。
对于自己的正式投身政坛，金庸的解释是：“我认为我应该为我所爱的香港出一番力。我于1948年来到香港，身无分文，此后在这里成家立业，过了几十年自由自在的生活，香港给予我的实在极多。我在香港社会中受到爱护尊敬，能有较好的物质生活，心中常自有感激之情，只觉得我比别人所得为多，而回报不足。这一次有机会为香港花五年心力，真正做一件重要的事，然后退休，心中会感到安慰。”
香港基本法起草委员会中，派别林立，各执己见，争吵不休。基于他的一贯立场和“报答香港人”的愿望，金庸始终在寻求一条调和的道路，既坚持为香港六百万人谋福利，又不损害回归事业的大局。
经过多次酝酿，金庸起草的“主流方案”出世。方案协调各方意见而偏于保守，在发表时遭到激进派的批评。但是金庸坚持认为，这个方案是最适合于香港现阶段局势，能够逐步推进的协调方案，而此方案也于1989年2月21日在全国人大常委会上通过。
心事既了，又由于种种原因，金庸于1989年5月20日，亦即明报创刊三十周年的日子，宣布退出香港基本法起草委员会，并宣布卸任明报社长职务。
在金庸的内心中，他对于历史上为国建大功、立大业，又能不贪权位，急流勇退的范蠡、张良，始终怀着向往效仿之情。这种由“儒”入“道”在“兼济天下”后“独善其身”的思想，贯彻于他的武侠小说之中。
而他的宗教情怀，则是另一重推动力。1976年金庸的长子查传侠于美国哥伦比亚大学自杀身亡，金庸在长期悲痛之后向佛法寻求解脱，从而皈依佛教。佛教所求的是轻视身外的欲望，求索精神的升华，使金庸进一步坚定了放手名利事业，毅然退隐的决心。
尽管自己希望轻松无碍，却不能将一生心血随手抛弃。退隐之前，金庸所最为挂心的，自然便是明报的着落。子女们全对新闻事业不感兴趣，继承家业恐不可行；从前那些老友，又出国的出国，倦世的倦世，面对着如何能保持明报的长期繁荣发展，金庸可谓殚精竭虑。于是，在20世纪90年代初，他做出让明报企业挂牌上市的决定，减少自身对于明报的控制和责任；同时，他在上门求购者中精挑细选，选中了智才顾问公司的管理人于品海。金庸自述原由是：“经过相当长时间的交往了解，我觉得于品海先生的经营管理才能令我十分佩服，正是巩固与发展明报企业的理想人才，同时他对新闻事业具有热诚，那是非常难得的性格。”1991年12月，金庸正式卖出明报，退隐江湖。
卸去一身重担，金庸开始圆他多年的学者之梦。1992年，金庸到英国牛津大学做访问院士半年，并荣膺法国荣誉军团骑士勋章。
荣誉加身，但是金庸对于自己年龄和精力所限，不太可能再在学术领域真的开疆拓土的事实，也看得很清楚。回港之后，记者采访金庸在英国的感受时，问到“你这半年还有什么抱负，希望在余生中达到”时，金庸回答：“我在牛津时，是希望能够做些学术工作，但我的个性不适合，学术的基础也不好，现在才开始，已经做不成世界一流的学者了。我还是比较适宜做创作的工作，我没有积极的抱负，但求平平淡淡，生活自由自在就最好。”
不过，虽然他选择了逍遥退隐，但仍然没有不闻外事，对香港的政治十分关注。在此前的1990年2月27日，香港基本法获得最后通过。这次访问回到香港后，新任香港总督彭定康出台“政改方案”在一些改革措施上完全违反中英之前的协议，引起了国际上的争端。金庸向彭定康劝说无效，便再次援笔撰写政论，对彭定康方案中违背实际情况的一意孤行进行了批驳。不过，金庸此时也已没有当年笔战群雄的精力和热情了，写了两篇社评表达清楚自己的观点后，他便离开香港，再次返乡。
这次回乡，他拜访了中学时代的数学老师，也是20世纪30年代的著名文人章克标先生，此时金庸年垂七十，而章先生已是九十三岁的老人。师生叙谈五十多年前的往事，言笑甚欢。
就在这同一天，金庸又重游了自己的母校：袁花镇中心小学。应校长邢祖康之请，金庸为学校挥笔写下了这样几句话：“重游母校，深感当年教诲恩德。袁小旧生查良镛（金庸），1992年12月3日。”
此外，金庸决定捐款300万人民币，为自己曾读过中学的嘉兴市建造一座图书馆。
也就在这一年，加拿大哥伦比亚大学以“全世界读者最多的小说家”的评价，授予他文学博士称号。
1993年3月，金庸再次到北京，与江泽民会谈，中国的第三代领导人，给金庸留下了很好的印象。归来写有长文北国初春有所思，记录他在大陆的见闻，以及他关于大陆和香港未来的思考。这年4月l日，金庸宣布辞去明报企业董事局主席之职，改任名誉主席。从此，金庸完全退出了明报。
此后，金庸在中外各地游山玩水，饱览世界风光。此外，则读佛经，听音乐，下围棋。
随着金庸小说风行于世，学术界也受到了震动，开始重新估定金庸小说，乃至通俗小说整体的价值。叶洪生先生写于1992年夏的“偷天换日”的是与非——比较金庸新、旧版射雕英雄传中便提到“近年来在有心人士的推动下，港、台两地甚至大陆，又掀起了所谓‘金学研究热’”语虽含贬，事实难避。
1994年3月，北京三联书店隆重出版金庸作品集。
就在这一年的8月，北京师范大学中文系王一川教授组织策划的20世纪中国文学大师文库小说卷中，把金庸列为20世纪小说大师之一，名列鲁迅、沈从文、巴金之后，位列第四，老舍、郁达夫、王蒙之前，而之前声望卓著的茅盾，竟然未曾入选。顿时，在文化界乃至新闻界，都掀起轩然大波，在报纸“金庸取代茅盾”这样耸人听闻的标题下，一时众说纷纭。在中国青年报为此专发的消息中，引用王一川的话说：“文坛长期不谈金庸，是不公平的。他的作品体现了中国文学发展的方向：雅俗共赏。”时年他三十五岁，而值得注意的是，在众多声音中，要求重估金庸地位的，大多是一些不满四十岁的大学教授、副教授或博士。在他们的青年时代，他们由于好奇和兴趣自然而然地接受了金庸小说，并为其艺术魅力所感染。这不仅仅是对金庸一人的评判变化，也是历代以来对于文学的评估标准、价值测定既有规则的反思和颠覆。
在讨论中，金庸小说在学术界的影响越来越扩大。同年10月，北京大学授予金庸名誉教授称号。在授予仪式上，金庸为北大师生作了关于中国历史的演讲。北京大学中文系教授、中国现当代文学专业博士生导师严家炎先生在仪式上作了题为一场静悄悄悄的文学革命的贺词，称：“金庸小说的出现，标志着运用中国新文学和西方近代文学的经验改造通俗文学的努力获得了巨大的成功。”
但是，在金庸开始进入正统文学史的时候，争论也就随之而起。正当一批学者惊喜于文学史学作品中的新血，认为金庸作品为“沟通雅俗”提供了重大意义的时候，另一批坚持传统文化立场的文化界人士则站出来反对，宣布“拒绝金庸”
首发炮弹是1994年12月2日南方周末上鄢烈山的一篇文章拒绝金庸。在这篇文章中，对于金庸和武侠小说最强烈的批评，就在于“武侠先天就是一种头足倒置的怪物”他认为，武侠强调虚幻的个人力量，不符合历史真实，又鼓吹反社会意识，与现代社会的根本精神相悖，武侠小说是“精神鸦片”
这篇文章并非无懈可击，但是却触及了武侠的根本存在价值问题：武侠作品中的武侠，到底是作为什么而存在？是“成年人的童话”还是使人陷入梦幻的精神鸦片？或者说，这仍然是金庸曾经回答过的问题：武侠小说要不要为它的教育功能负责？文学需不需要规定基本倾向和立场？文学的“社会意义”是否仅仅依靠它的现实意义来判断？消遣文学到底有没有存在的价值？等等。
针对这篇文章，严家炎写了答“拒绝金庸”——兼论金庸小说的文学史地位对拒绝金庸的逻辑进行了反驳，另有童志刚在今日名流上发表且慢拒绝金庸，针对鄢文中说他拒绝读金庸作品的行为，建议鄢先生先去读完金庸作品和金学研究著作后再来发表高见。
沸沸扬扬的争论过后，随着学者呼叫，通俗文学越来越受关注，在文学史中占的分量越来越大。“雅”、“俗”的对立统一，也成为许多文学研究者关心的问题。而金庸作为当代通俗文学作品的成熟代表，自然被作为典型受到最高的关注。
1998年，在美国召开了金庸小说与20世纪中国文学国际学术讨论会。1999年，文化艺术出版社出版了评点本金庸武侠全集，评点者为大陆多位金庸研究专家。同年，金庸被聘任为浙江大学人文学院院长。随着“金庸热”的升温和网络的普及，世纪末终于爆发了一次涉及社会各文化层次的大论战。这场论战的起源，是著名的“痞子作家”王朔的一篇我看金庸。
平心而论，这篇文章冲击力，是在它语气的“骂”上，并提了“四大天王、成龙电影、琼瑶电视剧和金庸小说，可称为四大俗”而在基本论点上，实际并未超出鄢烈山的指责。但是由于王朔的名气大大超过鄢烈山，曾经也影响过一代青年，而网络的推广使大家自由、迅速地发表和交流意见成为了可能，因此，此文一出，立刻在网上掀起了轩然大波，两边的支持者在新浪上的“金庸客栈”和“王朔个人聊天室”中，发贴争论，硝烟滚滚。其中，许多金迷由于感到自己心爱的作者作品被侮辱谩骂，感情受到伤害，因此非常愤怒，乃至口出粗言鄙语，种种有之。王朔这篇文章本身并非是严肃的学术探讨，因此这场论争主要发生在读者之中，意气成分较重。这也可以看出，通俗小说的地位提高，不但改变了通俗文学的命运，而且也使从通俗文学出发，没有强大学术基础和文化背景，只是单纯抒发身为读者的感受的“通俗评论”成为一种不可忽视的声音。
金庸本人对此的反应，却显得比较平静，接受采访时只是泛言“王朔先生与我不会有个人恩怨，我的小说既然是文艺作品，总会有人说好，有人说差。我非常欢迎有人批评我的小说”随后在文汇报上发表一篇短文不虞之誉与求全之毁，意思相近。
与本文同时刊出的，还有著名金庸研究家陈墨先生的文章金庸小说长盛不衰值得研究，对王朔的观点进行了批评。数天后，在中华读书报上刊登出中国社科院研究员袁良骏的再说雅俗——以金庸为例，指出传统武侠小说五大弊病，在肯定金庸小说比起旧武侠的四点进步后，笔锋一转，抨击金庸小说从根本上，仍然没有脱离旧武侠的局限，仍然是一种陈腐落后的作品。
对于金庸小说的论争，由此扩大到学术界内。随后，严家炎先声撰文捍卫金庸小说的价值，而袁良骏先生则再撰文反击。在这一过程中，许多网友也参与了讨论，对论争发表了他们各自的看法，对于金庸小说的争论，还会长期一直延续下去。
有趣的是，对于金庸的批评，基本是对武侠小说的“整体意义”作评价，而为金庸小说正名，则重在强调金庸小说“个体”的艺术价值。随着“金学研究”的越来越深入，许多学者对于金庸的态度，也由当年的惊喜开始向反思转化，金庸小说和武侠小说到底应该被放在什么样的位置上，而金庸之外的武侠作家，如古龙、温瑞安等，又应该被如何评判，金庸的创作是不是真的“超越于一般武侠小说”是不是真的代表了“打通雅俗”的可能，而支持武侠的一方是支持“武侠小说”的生存发展，还是仅仅将“金氏武侠”送上文学史的高位，看来还是一个有无穷开拓领域的话题。
2000年11月，在北京大学召开了金庸小说国际研讨会。金庸现在担任浙江大学人文学院院长，并于2002年5月受聘为华东师范大学教授。如今，他已经招收了他的第一批博士生，并且在访谈中，透露出写一部中国通史的计划。随着央视投拍的由金庸小说改编的电视剧播映，金庸再次成为媒体的热门话题，而重新修改他作品的计划，则又引发了读者的大规模争议。看来“隐”亦不易，年过八十的金庸，依然畅游于名与利、文与商、个人与公众、政治与艺术之间，而诸多是非功过，也只能留待后来人评说了。
篇幅既短，观点也未尖锐，因此尚不太受人注目，还没有后来被誉为“香江第一健笔”的魅力和影响。
最初几月内，金庸便忙着招兵买马，聘得几位出色人才。其中有雷炜坡，当时在晶报当记者，被金庸拉来做采访主任，他以柳鸣莺为笔名写的“伶星专栏”专写明星的爱情生活等花边新闻，很受欢迎。另外明报早期的“招牌菜”还有简而清以简老八笔名写的马经，汪昆以“识途老狗”为笔名写的澳门狗经。
不过在初期，金庸的武侠写作，仍是报纸的主要支柱：后来倪匡说“明报不倒闭，全靠金庸的武侠小说。”
神雕侠侣是承接射雕英雄传的故事，其江湖世界也顺理成章地继承了上一部的设定；不过射雕英雄传的主角郭靖、黄蓉在这本书里已经年届中年退居二线，书中主要写的是前书中人物杨康之子杨过的成长，和他与小龙女感天动地的爱情故事。
神雕最大的主题是“情”强调个人的情爱的自由和个性的解放，因此我们可以发现“情”在金庸作品中的分量较之以前加大了许多。这部书以失恋之李莫愁、武三通开始，引出层层人物，而到杨过、小龙女二人。杨过是其父母爱情悲剧的产物，而小龙女之师祖林朝英与王重阳，亦终生因爱情而痛苦。到了杨过、小龙女，由于师徒相恋，不为世俗所容，乃至重重曲折后方成眷属。这个主题是射雕的主题的反写；强调的是一种个人的、自我的欲望，杨过最后放弃了“大侠”的功业而和爱人隐居，是遵从了小龙女的个性和愿望，比起射雕所坚持的“侠之大者，为国为民”神雕更突出一种属于女性和弱者的声音。
与此同时，飞狐外传也在明报的附属刊物武侠与历史上连载。这份杂志上兼顾武侠小说和历史小说，也连载过很多不错的作品，除金庸的飞狐外传外，还有他的中篇鸳鸯刀、古龙的中期转型代表作绝代双骄等。由于种种原因，它后来停刊了，颇为可惜。
同时写作两本武侠小说，是金庸最艰难的时期。这两本小说都与金庸早期作品有关，神雕侠侣是“后续”而飞狐外传则是“补完”在飞狐外传中，金庸借用他早期作品雪山飞狐的情节，将在那本小说中退居次位的胡斐形象补充得更丰满而完整，如果说郭靖是金庸笔下的“为国为民”的“侠”的理想的化身，胡斐则是金庸“锄强扶弱”的理想的化身。他可以为素不相识的一家三口打抱不平，不为所爱之人的求恳所动。
神雕侠侣告捷后，金庸开始写他的另一部小说倚天屠龙记。射雕英雄传、神雕侠侣和倚天屠龙记这三部小说按时间先后而下，有内容的延续性，因此后来被合称为“射雕三部曲”前一部书中的人物和他们的后代在后一部书出现，而推动后一部书中主人公命运的发展，使金庸的武侠世界变得更完整而丰富。
倚天屠龙记的最大突破，是其中对于“正邪”的融合与思考。武侠世界中从来正邪不两立，邪不压正是武侠的根本原则。然而，金庸试图从更加人性化和更加真实的层面上，来考察“正邪”的观念和现实的矛盾，人性中善与恶的矛盾。这种正邪的辩难在他从前的作品中已经出现过，譬如亦正亦邪的人物夏雪宜、黄药师等。但是，这些人都只是“个体”把它放到群体和社会的范围来考察，探讨正邪与人性的关系和转化，则是至倚天始大成。当时这样的小说，对于许多人来说，是一个巨大的冲击，杀人无数的金毛狮王竟与正派主角张无忌感情深厚，张无忌又当上了被认为是邪教的明教的教主，并与敌国的郡主赵敏发生恋爱，而正派的灭绝师太刚愎好杀，周芷若暗藏心机金庸后来解释说：“在倚天屠龙记中，我要写的确是我对人生一种看法，想表达一个主题，说明这世界上所谓正的邪的，好的坏的，这些观念有时很难区分。人生其实很复杂，命运跟遭遇千变万化，如果照一定的模式去描写的话，就太将人生简单化了。”
这种“正邪转化”的观念造成金庸笔下人物形象的丰富与复杂性，而在他写的所有人物形象中，也多以正邪参半的形象最有魅力——在倚天屠龙记里，殷素素、杨逍、赵敏这样的形象，远比正派的张翠山、张无忌父子令人喜爱而印象深刻。也许，这类在性格上不失真诚性情，有“正”的一面，而又不受世俗约束，有任性放纵的“邪”的一面的人物，其实恰恰是武侠小说中最典型最具代表性的形象。他们身上，既体现了武侠小说放纵性情，超凡脱俗的魅力，又体现了武侠小说对抗法治，滥杀无制的危险。这种“危险的放纵”是武侠带给我们的一个梦，也是武侠最常遇到的一个质疑；到底武侠能够将这个梦发挥到什么地步，又需要什么底线为限制，事实上，也是武侠小说至今仍然面临着的问题。
这部作品中的女主角赵敏和周芷若，金庸以为，都是心机太深而不讨人喜欢的。不过，这部作品中描写感情最美好的地方却是男子之间的情义。张三丰的武当派成为金庸笔下最富有温情和人性的门派，也为武侠小说世界里所少见。
而后来金庸修订的时候，仍然觉得自己当时的感受太过肤浅；经历了更多年的风风雨雨后，他感伤地道：“真实人生中不是这样的。因为那时我还不明白。”
从神雕到倚天，说这几部武侠小说为明报打稳了基础，应不为过。但是明报权威性的建立，却是依靠它的社评——之后，明报成为华文报纸中的著名大报，金庸和他的社评起着决定性的关键影响。
1962年，正是中国大陆三年自然灾害时期。当时中国民众面临建国以来最大的生存困难，在饥饿的逼迫下，大批大陆人，特别是广东一带，采取了偷渡香港以求生的方式。当时香港居民已经有三百多万，自然承受不住如此大批偷渡者带来的压力，为了缓和越发紧张的港内经济矛盾，香港当局用强硬手段将大陆移民押运回深圳，但是仍然无法阻拦移民持续大批涌入。这便是香港历史上的“逃亡潮”事件。
在事件早期，明报保持着平静和观望的态度。对于与政治关系密切的问题，金庸出于小心不希望介入。随后，事情越来越大，明报也开始以比较客观和淡漠的态度来做少量一般报道。但是，随着事态的发展，采写新闻的记者们深入底层看到移民的悲惨生活时，都异常激动，要求对移民给予更强烈的关注和帮助；金庸在深思熟虑后，做出了真实报道这桩事件一切真相，并争取为移民提供帮助的决定。明报在这场移民潮中，为移民募捐到大批救援物资，对移民给予了大量同情与援助。
但是在态度上，明报则站在港府一边，金庸认为，对于整个香港的实际利益来说，大批移民的涌入，无疑是一场灾难，假如不予解决，便会给港民带来极大灾祸，因此，他支持港府的遣返政策，并批评大陆政府对移民潮的纵容。这便与大公报的左派立场产生了分歧，大公报也多次发表文章批评金庸与明报。由于这场争论关系到香港市民的切身利益，明报的发行量直线上升，自移民潮和笔战大公报之后，发行量从一万几千份上升到四万份，报纸也由小报规模扩展为两大张。
明报事业稳定下来，金庸的武侠小说创作事业也随之并进。1963年，他在明报上连载天龙八部，这是他结构最庞大，人物关系最多样而复杂的一部小说，非具有强大操控力不能为。
天龙八部连载期间，金庸受邀赴伦敦参加国际新闻协会主办的会议，并预备顺便在欧洲做一次长途旅行，而此时天龙八部尚在连载中，不可能长期停载，在这种情况下，金庸决定找人代笔，这个人便是著名武侠、推理、科幻小说家倪匡。倪匡对金庸推崇备至，曾经说过“没有人可以代写金庸小说”于是，金庸找到倪匡，而当时在场的还有著名作家董千里先生。
金庸当时说得很技巧：“倪匡，请你代写三四十天，不必照原来的情节，你可以去自由发展。”
倪匡自己说他当时的想法：“这等于是说：千万不可损及原著，你自管去写你自己的好了！换了别人，或许会生气。但我不会，高兴还来不及！若是连自己作品和金庸作品之间有好几百万光年距离这点都不明白，那是白痴了，幸好还算聪明，所以一点不生气，连连点头答应。”而金庸又说：“老董的文字，较洗练，简洁而有力，文字的组织能力又高，你的稿子写好之后，我想请老董看一遍，改过之后再见报！”而倪匡的想法是：“这等于说：倪匡你的文字不好，虽然任由发展，还是不放心，要找人在旁监督，以防万一出毛病。换了别人，又可能会生气，但我不会。因为金庸所说是实，董千里先生文字之简炼有力，海内外共睹，能得到他的帮助，对我今后小说创作的文字运用方面，可以有很大的改进，所以欣然答应。”
于是“代写”之事，终于敲定，倪匡虽得了这个“自由发挥”权，但是自言写得也是战战兢兢，等金庸欧游归来，大概写有六万字左右，基本都控制在不影响原著进展的范围内，后来修改时，金庸为保持他本人一贯风格统一，征得倪匡同意，将这一部分完全删除。不过倪匡为人，喜出奇招，见到金庸第一句话，便是：“对不起，我将阿紫的眼睛弄瞎了！”原来他说他讨厌阿紫其人，所以令她瞎眼。如此说来，倪匡代写之时，必定还是有其任性发挥的地方，而阿紫瞎眼，则是其中影响全局最大的一处了。
金庸无可奈何，也得接受，但是他自有主意，围绕阿紫眼睛，失而复得，得而再还，把她与游坦之之间的情爱纠葛写得更加动人“凄楚、恋情、偏激、浪漫，都发挥到了淋漓尽致的地步”竟成一个意外收获，金庸功力，可见非凡。
后来倪匡一直以此经历为得意，曾自撰一联，上联是：“屡替张彻编剧本”下联是：“曾代金庸写小说”其实倪匡本人，作为小说家也享有盛名，这样一副对联，只是表示他对此二人的推崇而已。
1965年，为了适应面向文化层次较高的读者的需要，金庸创办了明报月刊，以文化、学术、思想为主，标榜“独立，自由，宽容”大陆“文化大革命”期间，明报抓住了这个时机，发表大量报道和评论来详细讨论“文革”的走向，分析“文革”的本质，并以其准确的透视力和预测力成为“中国报道权威”金庸也成为与左派对立的右派媒体代表，而赢得“香港第一健笔”之称。
1967年，在“左”倾思潮和“左派”势力影响下，香港的劳资纠纷逐渐扩大成为与政府和社会对抗的暴动事件，这就是香港的“六七暴动”而金庸也成为“左派”攻击对象，不得不远走瑞士避难。然而，祸福相因，在这种冲击中，明报的销量也从五万份激增到八万份。
“六七”之后，香港政治经济趋于好转。金庸开始投入发展明报事业。此后金庸在明报月刊之外，又先后增办了新明日报星马版、明报周刊、明报晚报、财经日报等报纸杂志，后来又创办了明窗、明河、明远三家出版社，把明报拓展成一个报业集团。其中，明报周刊以娱乐周刊起家，在著名娱乐新闻采写人雷炜坡手下蒸蒸日上，成为明报集团除明报外赢利最高的刊物，1973年李小龙死亡事件后，已稳坐香港娱乐周刊的第一把交椅。
而明报手下，更是人才济济，如潘粤生、陈非、雷炜坡、汪济、王琳、司马长风、孙淡宁（农妇），张续良、胡菊人、王司马、林三木、王世瑜、李文庸（慕容公子）、董梦妮等，皆先后在金庸麾下冲锋陷阵。金庸之用人，有“才”——慧眼识珠提拔英俊；有“情”——真情相待平等共处；有“识”——眼光远大谋划全局；有“度”——宽宏大量不计小怨，尤其为人所称道。
明报晚报前身为华人夜报，20世纪60年代末创办不久后金庸便把它交给了王世瑜。据明报老职员说，王世瑜初入明报，职位只是信差。但这个信差，聪明勤勉，甚获金庸欢心，很快就由信差，升为校对，助理编辑，编辑，而到最后，更被升任华人夜报的总编辑，升职之快，堪称一时无二。但是由于办报宗旨遭到金庸夫人的反对，争执之下辞职，转投新报。当时他年少气盛，便常在报上拿金庸开玩笑，语多不敬，金庸也只是一笑了之。后来王世瑜自办新夜报，大赚一笔，赚钱后便卖掉报纸，举家移民加拿大。金庸听说他不办报了，立刻邀请他回来重新加盟明报，任明报晚报和财经日报的社长，重新收归旗下。王世瑜后来对金庸的评语是：“深懂用人之道，懂得放手让下属办事，三十多年来我从未见他辞退过一名员工，或骂过一名下属，但公司的同事对他都很尊敬。”
王世瑜外，有林三木。林三木在明报，起初只是资料室的小职员，得到金庸赏识而被保送到英国留学，归来立刻出任明报晚报的副总编辑，后来总编辑潘粤生去了新加坡新明日报，林三木又升任总编，恰值股市狂潮，明报晚报时为全港独一无二的经济报纸，于是一纸风行，销路达好几万份。林三木便打算自立山头，另开事业，最终脱离明报，自创信报，成为明报晚报的最大竞争对手。因此，许多人都认为林三木对于金庸，太过忘恩负义，然而，金庸却反而替林三木辩解：“人望高处，水望低流，林三木有这么好的成就，我也高兴。”
后来，在许多宴会场合，金庸都会遇到林三木，他一见林三木，一定会走过去握手，很客气地称呼他做“林先生”而不似一般老板直呼旧职员的名字。
这段期间内，金庸的武侠小说创作达到了顶峰。
在此期间，发生过一件金梁“笔战”的往事，可以说是两大武侠作家在创作基本理念上的一次碰撞。1966年1月香港海光文艺创刊号发表了一篇文章，金庸梁羽生合论，署名佟硕之（后来知为梁羽生的笔名）。这篇文章比较了金梁作品的异同，说：
“梁羽生的名士气味甚浓（中国式的），而金庸则是现代的‘洋才子’。梁羽生受中国传统文化（包括诗词、小说、历史等等）的影响较深，而金庸接受西方文艺（包括电影）的影响较重。”
随后，在分析二人各自优缺点的时候，此文对于金庸提出了以下的批评：
“武”的方面，其一，情节跌宕起伏，变化多端，固然是好事，但是有时便不免于不合理情节，而有些更是伤于人物，并非必要。（当时金庸尚未写到段誉身世之谜，故而此文将木婉清和段誉的恋爱以为果然乱伦，于是也算在其中。不过段誉身世之谜太过离奇巧合，纵然梁羽生后来知道金庸真正的安排，恐怕也不免诟病。）
其二，诗词修养不够，犯了一些平仄和史学上的毛病，如书剑恩仇录的回目不合古典诗文平仄，射雕中黄蓉的“宋代才女唱元曲”等。
其三，一些武侠技击写得太过离奇，令人不可相信，如天山童姥、六脉神剑这样的设计，已经近于神怪之道。
“侠”的方面，金庸常邪正不分，混淆大是大非。例如无龙八部中，金庸捧“大杀宋国忠义之士，官居契丹南院大王”的乔峰为英雄，不知为何。
“情”的方面，金庸的爱情描写较为单一，常常发生莫名其妙的多角恋爱，没有深厚的心理基础。
金庸对这批评想法如何，他自己一直没有提起，但是对于梁羽生批评他最主要的部分，也就是“邪正不分”这点上，金庸当时显然是不服气的。在海光文艺第四期，他写了一篇两千多字的小文一个“讲故事的人”的自白，虽然含蓄，却可看出是对合论的一个回应。在这篇文章里，我们也可看出金庸在创作武侠时的一些基本理念，他说：
“我只是一个‘讲故事人’（好比宋代的‘说话人’，近代的‘说书先生’）。我只求把故事讲得生动热闹我自幼便爱读武侠小说，写这种小说，自己当作一种娱乐，自娱之余，复以娱人（当然也有金钱上的报酬）
我以为小说主要是刻画一些人物，讲一个故事，描写某种环境和气氛。小说本身虽然不可避免地会表达作者的思想，但作者不必故意将人物、故事、背景去迁就某种思想和政策。
我以为武侠小说和京剧、评弹、舞蹈、音乐等等相同，主要作用是求赏心悦目，或是悦耳动听。武侠小说毕竟没有多大艺术价值，如果一定要提得高一点来说，那是求表达一种感情，刻画一种个性，描写人的生活或是生命，和政治思想、宗教意识、科学上的正误、道德上的是非等等，不必求统一或关联。艺术主要是求美、求感动人，其目的既非宣扬真理，也不是明辨是非。”
从这篇小文里，我们可以看出金庸创作期间对于武侠的态度：对他来说，武侠小说只是一种娱乐手段，而他致力而为的，也只是提升这种作品的艺术价值而已。他想要写的，不过是“求美，求感动人”而不愿意将它纳入教化体系而成为苦差。之后他在天龙八部里对于乔峰形象的塑造，正是对这个观点的一个阐明：当时梁羽生没有预料到，被他批评过的乔峰，身上的异族血统和暴烈个性，使他的个性和面临的处境更加深刻而复杂，而最终乔峰（萧峰）以杀身取义之行为，用自己的生命为宋辽换得短暂的和平，更使他的形象升华到金庸笔下当之无愧的第一大英雄之位。在乔峰的身上，契丹和汉族的混淆倒置，反倒使这个人物跨越了狭隘的民族观念，而具备了更高的意义。
天龙八部为陈世骧评为：“无人不冤，有情皆孽”是金庸写“情孽”写到极致的一篇小说，也是他对于“情”的一次探讨之旅。在这部书里，充满了人性的挣扎与矛盾，每个人都为自己的欲望和感情所困扰，而金庸用来解决的方法，则是佛法的超度和解脱——一些人物因为深受佛法熏陶而拥有心灵平静和完满人格，获得幸福圆满的结局，例如段誉、虚竹；一些人物则在忏悔中以出家或者死亡解脱。甚至，这本书里，几个最大的“恶魔”都获得了在佛法中悔过的结局：如慕容博、萧远山、鸠摩智，甚至是星宿老怪丁春秋。
然而一方面是体悟与升华，忏悔与救赎；另一方面也是不可改变与痛苦；在无名老僧的教化之外，有两类人不能为佛法所超度：一种是如萧峰这样的大英雄大侠士，不能也不肯用佛法为心中的问题寻求简单的答案，最终不得不为此付出悲剧的代价；另一种是阿紫、游坦之间或慕容复这种执著于“情”或“欲”的凡人，他们宁愿选择与他们的爱情或者欲望共生，或者共灭——阿紫与游坦之选择了各自的殉情方式，而甚至最富慈悲心的段誉也放弃将慕容复接至大理的念头：“我觉得他们可怜，其实他们心中，焉知不是心满意足？”
这样纠缠转化，难判难定的爱欲之谜，使作品具有了更加深沉含蓄的意味。
20世纪60年代末期，金庸思想理念都更加趋于成熟，创作因为摆脱经济压力，自由度也更大，因此作品中便加入了更多对于人性和政治、社会、文化的思考。这个阶段他写出了他的最后两部长篇：笑傲江湖与鹿鼎记。这两部长篇小说无论在新派武侠史或者金庸本人的创作史上，无疑都占有极其重要的地位。
关于写作笑傲江湖的动机，金庸曾这样说过：“写笑傲江湖的那几年，‘文化大革命’夺权斗争正在进行得如火如荼，当权派和造反派为了争权夺利，无所不用其极，人性的卑污集中地呈现。我每天为明报写社评，对政治中龌龊行径的强烈反感，自然而然地反映在每天撰写一段的武侠小说之中。”
然而，这并不是一部影射攻击性的作品，正如金庸所说，他想要做到的是“通过书中的一些人物，企图刻画中国三千多年来政治生活中的若干普遍现象”这是金庸作品中惟一不涉历史背景的一部，金庸借了这样的写法，正要阐释，这本书里所写的，不是一朝一代的兴亡离合，而是主宰中国三千多年的普遍欲望。
这是一部关于“权力”的小说，主人公令狐冲，是一个“权力”的旁观者，他对权力没有欲望，然而却置身于许多权力斗争的中心，参与了华山派、嵩山派、少林派、日月神教等许多门派的权力之争。通过他的眼睛，我们看到一幅政治旋涡中的人物长卷：贪婪者为权力欲控制而堕落为恶；弱小者为强权迫害而身家难保；上位者为欲望迷惑，失权夺权皆如一梦；边缘者为权力播弄，求离不得求存不能而又演出灭门破家、夫妻怀恨、师友相残的悲剧。倚天屠龙记的正邪困惑，在此发展到极致：一旦被贪欲所控制，无沦是“正派”还是“邪教”都无法逃脱这一人性的枷锁，左冷禅、岳不群、东方不败、任我行，无论怎样的君子掌门，英雄枭杰，都为了权力二字，成了自己欲望的可怜、可悲、可笑的牺牲品。有人说，读笑傲令人心冷，诚然。而令狐冲，则是在这场悲剧中，几乎惟一保持了清醒和主动的人，最终得以退出旋涡，携爱隐世。然而，这种退隐的代价，也是他失去了本来如同亲人般的师父、师母和满门师兄弟，失去了曾经深爱过的小师妹，失去了许多正派邪派的好友尊长，在令狐冲和任盈盈终成眷属、曲终奏雅的另一面，是无可奈何独善其身的悲凉。
笑傲江湖在明报连载之时，西贡的中文报、越文报和法文报有二十一家同时连载。南越国会中辩论之时，常有议员指责对方是“岳不群”(伪君子)或“左冷禅”(企图建立霸权者)，影响之大，可见一斑。
而鹿鼎记一出，则在读者中掀起一场大骚动，甚至有许多读者写信来提出这部书是否金庸所写的疑问。金庸自己觉得：“鹿鼎记已经不太像武侠小说，毋宁说它是历史小说。”鹿鼎记最令人困惑之处，便是这本书的主人公，已经不是传统武侠小说中的大英雄大侠客，而武林在皇权和官府面前，也显得异常无力“武侠”的英雄气概，洒脱胸怀，一下子间，仿佛被颠覆掉了。
这个主角韦小宝，用一句话概括说，是一个“市井小混混”他经历奇特，但是本质平凡，与从前的侠客们相比，他不具备远大志向和高尚品格，人生目标非常简单：第一，生存，第二，金钱与美女。但是，就是这样一个卑微的小人物，违背一切理想原则，却符合一切现实条件。他虽然不符合武侠的国家理想，却满足了人们在阅读武侠小说中寄托的一切私人欲望：财富、美女、主宰他人的权力、成名他虽然在“道德”上，违背了许多侠客的基本信条，却因为在“人情”一面异常周到而讨人喜欢。因此，甚至连金庸自己都难以对这个人物进行定位了。他写韦小宝这小家伙，既承认他身上可爱重义气一面，又强调他违反道德的一面。而他对于韦小宝的态度，恰恰体现的便是这种“道德”与“人情”的矛盾。他既称韦小宝为“这小家伙”口气自然是异常爱护：“我写鹿鼎记写了五分之一，便已把韦小宝这小家伙当作了好朋友，多所纵容，颇加袒护，中国人重情不重理的坏习气发作了。”但是写这篇文章的时候，金庸已颇有道德教化之心，对于人性与现实之外，需不需要承担道德职能，显得动摇困惑起来了，所以又要强调：对于中国的处境“韦小宝作风”还是少一点为妙。
作为小说家来说，金庸本不必承担笔下人物的教化功能。当年回答论难时所理直气壮地坚持的“艺术主要是求美、求感动人，其目的既非宣扬真理，也不是明辨是非”到了他晚年，看来已经有所修正和改变。后来他封笔多年之后，号召青少年要做郭靖、令狐冲，不要做韦小宝，则更是以说教代小说，作为文化名流，这样的号召本无可厚非，但是身为人物的创造者，还要做出这样的号召，就不免显得虚弱无力，顾盼踌躇了。
这其实是武侠小说长期面临的一个质疑：武侠是不是在“诲淫诲盗”？武侠小说自出生始，是否要为其中的负面因素负责？读者接受作品中的什么，跟作者是否有关？当金庸是个商业性作者的时候，他可以完全不顾及这些，只在意自己的创作艺术；但是，当他一旦成为社会名流，被尊为武侠大宗师之时呢，他是否会改弦更张，皈依“正”途？
我们无法猜测金庸当时和如今的想法。但是，可以肯定的是，随着金庸的名望日重，他开始将他本来所轻视的武侠创作当作正经文学来对待，或者至少，尽管他仍对通俗小说这种体裁在文学史上的地位相当轻视，认为武伙小说本身“算不了什么”却也在试图使“金氏武侠”成为超越于其他各家武侠小说的存在。1972年底，金庸宣布：“如果没有什么意外，鹿鼎记是我最后的一部武侠小说了。”然后，金庸用了十年的时间，精心修改每一部作品，逐次出版。
在武侠之外，金庸对于“历史”和“学识”非常执著。当年金庸梁羽生合论批评他在文史修养方面的不足，金庸当时并未正面回答，但是修订的时候，他便十分在意。书剑恩仇录中的回目被重新写过，而神雕中黄蓉唱曲的部分，虽未删除，却多加注释解说。倚天等作品的回目，用诗词加以重新写过，而金庸对于历史考据的癖好和为此加上的许多注释，则几乎到了令人诟病的地步，如鹿鼎记中，对于人物形象完全虚构的建宁公主实有其人的考证，就颇不必要。但是，另一方面，小说中的历史感的增加，对小说的艺术水平有所补益，例如碧血剑中加入大篇幅关于历史的思考，成为碧血剑的重要艺术价值所在。而李自成纵兵入都，李岩蒙冤身死之事，写得尤为沉痛，常被认为是碧血剑一书中最精彩的段落之一。
除去删掉天龙八部中倪匡代写的文字外，在情节和人物上，金庸也做了相当大的改动。一种是对于过于离奇的情节的删减，如倚天屠龙记中的“玉面火猴”射雕英雄传中的“捕捉血鸟”、“蛙蛤大战”另外一种是对于故事发展因果和人物行为的再解释和再叙述。如书剑恩仇录铁胆庄周仲英杀子一事，由原来的小儿周英杰受千里镜诱惑告密，周仲英为义亲手杀子，改为周英杰被激失言，周仲英一怒之下误杀亲子。旧版中这个情节，与梅里美的小说中某情节很相似，金庸或许是因为此原因才将它改去；但是这样一改，固然消减了原来的残忍可怕色彩，但是也使这个情节失去了原来的冲击力，显得颇为多余。又如射雕英雄传中，杨过的母亲本为捕蛇少女秦南琴，为杨康强暴生子，而杨康所爱的穆念慈则在杨康死时自杀殉情。新版则改去殉情一节，将她们二人合而为一，使情节更为紧凑，但也有人认为，却使这段情孽失去了旧版的哀婉动人的色彩。
旧版新版优劣之争，历来是永恒话题，争论不休，大家往往以各有千秋的话来调和。而论实际喜爱，则大半与感情有关，以自己第一次看到的版本先入为主。金庸在报纸上连载时的老读者，便大多钟情旧版，认为旧版率性而来，生动自然；而读到出版版本的金迷，则多钟情修订版本，觉得新版用心良苦，严谨精密。
到1982年，金庸作品集全部出齐，金庸将他十四部长篇每篇取首字，自撰一联为“飞雪连天射白鹿，笑书神侠倚碧鸳”包含他十四部中长篇小说，依次为飞狐外传、雪山飞狐、连城诀、天龙八部、射雕英雄传、白马啸西风、鹿鼎记、笑傲江湖、书剑恩仇录、神雕侠侣、侠客行、倚天屠龙记、碧血剑、鸳鸯刀，再加他惟一的一个武侠短篇越女剑，共十五种三十六册。此时，金庸五十八岁。
有趣的一点是，金庸第一部武侠小说书剑恩仇录的主角，为生于海宁世家的书生侠客陈家洛，最后一部武侠小说鹿鼎记的主角，则为生于扬州妓院的小混混“反侠”韦小宝。尽管两人个性、品格、成败都完全形成鲜明对比，却都是出身于金庸所眷爱的江南，而金庸的武侠生涯，从写“书生救世”到写“玩世不恭”也始于斯而终于斯。后来，虽然多次出现他要重拾侠笔的传闻，以及他也曾说过，有写一本历史小说的打算，但是，最终都再也未成事实。
随着明报事业蒸蒸日上，武侠小说风行于世，中年以后，金庸成了社会文化名流，于新闻界与文艺界皆有重要影响，也是大陆和台湾都想结交的文化朋友。20世纪70年代中期后，金庸数次受邀访问台湾与大陆，与政要进行会谈，并渐渐参与高层政治活动。
1973年，金庸应邀访问台湾，与蒋经国、严家淦进行会淡。当时他声称自己是以明报新闻记者的身份，而非明报社长和武侠小说家的身份。这二人都是“金庸迷”但会谈中涉及问题，皆是关系到海峡两岸未来的重大政治问题。回港之后，金庸在明报上连载了他的名为在台所见所闻所思的旅行散记，记录了他在台湾的见闻，也阐发了他关于台湾地区乃至整个中国现状和未来的思考。
“文革”结束，十—届三中全会召开之后，明报密切关注大陆的改革政策，大量报道了改革的巨大成果，对改革开放政策和经济建设表示了支持。因此，1981年7月，金庸应邀访问大陆。
在人民大会堂，金庸与邓小平进行了长淡。邓小平作为政治家的自信、睿智，对历史和现实的清醒与明察，给金庸留下了深刻的印象，对中国政府也有了更加深入的了解。
会见过邓小平后，金庸偕妻子儿女回到了阔别三十年的家乡。故人相见，自有一番感慨唏嘘。而后，金庸游览各地风光，饱赏了许多他曾在笔下描写过，却长期无缘得见的奇丽景色。在新疆天池边上，他惊喜地从维吾尔族孩子的手里，看到了他曾在小说中描写过的，陈家洛冒着生命危险为喀丝丽采来的天山雪莲，好奇之心大起，便用一块钱买了两朵，带回香港。
其后，金庸频频涉足高层政治活动。1984年，他再度应邀访问北京，与胡耀邦、胡启立、王兆国等会谈，这些党内高级领导人，也给他留下了良好的印象。在看到大陆的经济与民生状况都有了大幅度改善之后，明报对大陆的态度开始从对立向友好转化，接受中新社提供的官方报道，对大陆的感情倾向也改为褒多贬少。
在和邓小平、廖承志等人会谈之后，金庸逐渐了解到中国政府对于香港的态度，并决定通过自己和明报的力量，为香港回归祖国尽力，投身于香港回归祖国的事业之中。因此，1985年，中方委任金庸为香港基本法起草委员会委员，并担任“政治体制”小组负责人，成为政制方案的主要起草者。
对于自己的正式投身政坛，金庸的解释是：“我认为我应该为我所爱的香港出一番力。我于1948年来到香港，身无分文，此后在这里成家立业，过了几十年自由自在的生活，香港给予我的实在极多。我在香港社会中受到爱护尊敬，能有较好的物质生活，心中常自有感激之情，只觉得我比别人所得为多，而回报不足。这一次有机会为香港花五年心力，真正做一件重要的事，然后退休，心中会感到安慰。”
香港基本法起草委员会中，派别林立，各执己见，争吵不休。基于他的一贯立场和“报答香港人”的愿望，金庸始终在寻求一条调和的道路，既坚持为香港六百万人谋福利，又不损害回归事业的大局。
经过多次酝酿，金庸起草的“主流方案”出世。方案协调各方意见而偏于保守，在发表时遭到激进派的批评。但是金庸坚持认为，这个方案是最适合于香港现阶段局势，能够逐步推进的协调方案，而此方案也于1989年2月21日在全国人大常委会上通过。
心事既了，又由于种种原因，金庸于1989年5月20日，亦即明报创刊三十周年的日子，宣布退出香港基本法起草委员会，并宣布卸任明报社长职务。
在金庸的内心中，他对于历史上为国建大功、立大业，又能不贪权位，急流勇退的范蠡、张良，始终怀着向往效仿之情。这种由“儒”入“道”在“兼济天下”后“独善其身”的思想，贯彻于他的武侠小说之中。
而他的宗教情怀，则是另一重推动力。1976年金庸的长子查传侠于美国哥伦比亚大学自杀身亡，金庸在长期悲痛之后向佛法寻求解脱，从而皈依佛教。佛教所求的是轻视身外的欲望，求索精神的升华，使金庸进一步坚定了放手名利事业，毅然退隐的决心。
尽管自己希望轻松无碍，却不能将一生心血随手抛弃。退隐之前，金庸所最为挂心的，自然便是明报的着落。子女们全对新闻事业不感兴趣，继承家业恐不可行；从前那些老友，又出国的出国，倦世的倦世，面对着如何能保持明报的长期繁荣发展，金庸可谓殚精竭虑。于是，在20世纪90年代初，他做出让明报企业挂牌上市的决定，减少自身对于明报的控制和责任；同时，他在上门求购者中精挑细选，选中了智才顾问公司的管理人于品海。金庸自述原由是：“经过相当长时间的交往了解，我觉得于品海先生的经营管理才能令我十分佩服，正是巩固与发展明报企业的理想人才，同时他对新闻事业具有热诚，那是非常难得的性格。”1991年12月，金庸正式卖出明报，退隐江湖。
卸去一身重担，金庸开始圆他多年的学者之梦。1992年，金庸到英国牛津大学做访问院士半年，并荣膺法国荣誉军团骑士勋章。
荣誉加身，但是金庸对于自己年龄和精力所限，不太可能再在学术领域真的开疆拓土的事实，也看得很清楚。回港之后，记者采访金庸在英国的感受时，问到“你这半年还有什么抱负，希望在余生中达到”时，金庸回答：“我在牛津时，是希望能够做些学术工作，但我的个性不适合，学术的基础也不好，现在才开始，已经做不成世界一流的学者了。我还是比较适宜做创作的工作，我没有积极的抱负，但求平平淡淡，生活自由自在就最好。”
不过，虽然他选择了逍遥退隐，但仍然没有不闻外事，对香港的政治十分关注。在此前的1990年2月27日，香港基本法获得最后通过。这次访问回到香港后，新任香港总督彭定康出台“政改方案”在一些改革措施上完全违反中英之前的协议，引起了国际上的争端。金庸向彭定康劝说无效，便再次援笔撰写政论，对彭定康方案中违背实际情况的一意孤行进行了批驳。不过，金庸此时也已没有当年笔战群雄的精力和热情了，写了两篇社评表达清楚自己的观点后，他便离开香港，再次返乡。
这次回乡，他拜访了中学时代的数学老师，也是20世纪30年代的著名文人章克标先生，此时金庸年垂七十，而章先生已是九十三岁的老人。师生叙谈五十多年前的往事，言笑甚欢。
就在这同一天，金庸又重游了自己的母校：袁花镇中心小学。应校长邢祖康之请，金庸为学校挥笔写下了这样几句话：“重游母校，深感当年教诲恩德。袁小旧生查良镛（金庸），1992年12月3日。”
此外，金庸决定捐款300万人民币，为自己曾读过中学的嘉兴市建造一座图书馆。
也就在这一年，加拿大哥伦比亚大学以“全世界读者最多的小说家”的评价，授予他文学博士称号。
1993年3月，金庸再次到北京，与江泽民会谈，中国的第三代领导人，给金庸留下了很好的印象。归来写有长文北国初春有所思，记录他在大陆的见闻，以及他关于大陆和香港未来的思考。这年4月l日，金庸宣布辞去明报企业董事局主席之职，改任名誉主席。从此，金庸完全退出了明报。
此后，金庸在中外各地游山玩水，饱览世界风光。此外，则读佛经，听音乐，下围棋。
随着金庸小说风行于世，学术界也受到了震动，开始重新估定金庸小说，乃至通俗小说整体的价值。叶洪生先生写于1992年夏的“偷天换日”的是与非——比较金庸新、旧版射雕英雄传中便提到“近年来在有心人士的推动下，港、台两地甚至大陆，又掀起了所谓‘金学研究热’”语虽含贬，事实难避。
1994年3月，北京三联书店隆重出版金庸作品集。
就在这一年的8月，北京师范大学中文系王一川教授组织策划的20世纪中国文学大师文库小说卷中，把金庸列为20世纪小说大师之一，名列鲁迅、沈从文、巴金之后，位列第四，老舍、郁达夫、王蒙之前，而之前声望卓著的茅盾，竟然未曾入选。顿时，在文化界乃至新闻界，都掀起轩然大波，在报纸“金庸取代茅盾”这样耸人听闻的标题下，一时众说纷纭。在中国青年报为此专发的消息中，引用王一川的话说：“文坛长期不谈金庸，是不公平的。他的作品体现了中国文学发展的方向：雅俗共赏。”时年他三十五岁，而值得注意的是，在众多声音中，要求重估金庸地位的，大多是一些不满四十岁的大学教授、副教授或博士。在他们的青年时代，他们由于好奇和兴趣自然而然地接受了金庸小说，并为其艺术魅力所感染。这不仅仅是对金庸一人的评判变化，也是历代以来对于文学的评估标准、价值测定既有规则的反思和颠覆。
在讨论中，金庸小说在学术界的影响越来越扩大。同年10月，北京大学授予金庸名誉教授称号。在授予仪式上，金庸为北大师生作了关于中国历史的演讲。北京大学中文系教授、中国现当代文学专业博士生导师严家炎先生在仪式上作了题为一场静悄悄悄的文学革命的贺词，称：“金庸小说的出现，标志着运用中国新文学和西方近代文学的经验改造通俗文学的努力获得了巨大的成功。”
但是，在金庸开始进入正统文学史的时候，争论也就随之而起。正当一批学者惊喜于文学史学作品中的新血，认为金庸作品为“沟通雅俗”提供了重大意义的时候，另一批坚持传统文化立场的文化界人士则站出来反对，宣布“拒绝金庸”
首发炮弹是1994年12月2日南方周末上鄢烈山的一篇文章拒绝金庸。在这篇文章中，对于金庸和武侠小说最强烈的批评，就在于“武侠先天就是一种头足倒置的怪物”他认为，武侠强调虚幻的个人力量，不符合历史真实，又鼓吹反社会意识，与现代社会的根本精神相悖，武侠小说是“精神鸦片”
这篇文章并非无懈可击，但是却触及了武侠的根本存在价值问题：武侠作品中的武侠，到底是作为什么而存在？是“成年人的童话”还是使人陷入梦幻的精神鸦片？或者说，这仍然是金庸曾经回答过的问题：武侠小说要不要为它的教育功能负责？文学需不需要规定基本倾向和立场？文学的“社会意义”是否仅仅依靠它的现实意义来判断？消遣文学到底有没有存在的价值？等等。
针对这篇文章，严家炎写了答“拒绝金庸”——兼论金庸小说的文学史地位对拒绝金庸的逻辑进行了反驳，另有童志刚在今日名流上发表且慢拒绝金庸，针对鄢文中说他拒绝读金庸作品的行为，建议鄢先生先去读完金庸作品和金学研究著作后再来发表高见。
沸沸扬扬的争论过后，随着学者呼叫，通俗文学越来越受关注，在文学史中占的分量越来越大。“雅”、“俗”的对立统一，也成为许多文学研究者关心的问题。而金庸作为当代通俗文学作品的成熟代表，自然被作为典型受到最高的关注。
1998年，在美国召开了金庸小说与20世纪中国文学国际学术讨论会。1999年，文化艺术出版社出版了评点本金庸武侠全集，评点者为大陆多位金庸研究专家。同年，金庸被聘任为浙江大学人文学院院长。随着“金庸热”的升温和网络的普及，世纪末终于爆发了一次涉及社会各文化层次的大论战。这场论战的起源，是著名的“痞子作家”王朔的一篇我看金庸。
平心而论，这篇文章冲击力，是在它语气的“骂”上，并提了“四大天王、成龙电影、琼瑶电视剧和金庸小说，可称为四大俗”而在基本论点上，实际并未超出鄢烈山的指责。但是由于王朔的名气大大超过鄢烈山，曾经也影响过一代青年，而网络的推广使大家自由、迅速地发表和交流意见成为了可能，因此，此文一出，立刻在网上掀起了轩然大波，两边的支持者在新浪上的“金庸客栈”和“王朔个人聊天室”中，发贴争论，硝烟滚滚。其中，许多金迷由于感到自己心爱的作者作品被侮辱谩骂，感情受到伤害，因此非常愤怒，乃至口出粗言鄙语，种种有之。王朔这篇文章本身并非是严肃的学术探讨，因此这场论争主要发生在读者之中，意气成分较重。这也可以看出，通俗小说的地位提高，不但改变了通俗文学的命运，而且也使从通俗文学出发，没有强大学术基础和文化背景，只是单纯抒发身为读者的感受的“通俗评论”成为一种不可忽视的声音。
金庸本人对此的反应，却显得比较平静，接受采访时只是泛言“王朔先生与我不会有个人恩怨，我的小说既然是文艺作品，总会有人说好，有人说差。我非常欢迎有人批评我的小说”随后在文汇报上发表一篇短文不虞之誉与求全之毁，意思相近。
与本文同时刊出的，还有著名金庸研究家陈墨先生的文章金庸小说长盛不衰值得研究，对王朔的观点进行了批评。数天后，在中华读书报上刊登出中国社科院研究员袁良骏的再说雅俗——以金庸为例，指出传统武侠小说五大弊病，在肯定金庸小说比起旧武侠的四点进步后，笔锋一转，抨击金庸小说从根本上，仍然没有脱离旧武侠的局限，仍然是一种陈腐落后的作品。
对于金庸小说的论争，由此扩大到学术界内。随后，严家炎先声撰文捍卫金庸小说的价值，而袁良骏先生则再撰文反击。在这一过程中，许多网友也参与了讨论，对论争发表了他们各自的看法，对于金庸小说的争论，还会长期一直延续下去。
有趣的是，对于金庸的批评，基本是对武侠小说的“整体意义”作评价，而为金庸小说正名，则重在强调金庸小说“个体”的艺术价值。随着“金学研究”的越来越深入，许多学者对于金庸的态度，也由当年的惊喜开始向反思转化，金庸小说和武侠小说到底应该被放在什么样的位置上，而金庸之外的武侠作家，如古龙、温瑞安等，又应该被如何评判，金庸的创作是不是真的“超越于一般武侠小说”是不是真的代表了“打通雅俗”的可能，而支持武侠的一方是支持“武侠小说”的生存发展，还是仅仅将“金氏武侠”送上文学史的高位，看来还是一个有无穷开拓领域的话题。
2000年11月，在北京大学召开了金庸小说国际研讨会。金庸现在担任浙江大学人文学院院长，并于2002年5月受聘为华东师范大学教授。如今，他已经招收了他的第一批博士生，并且在访谈中，透露出写一部中国通史的计划。随着央视投拍的由金庸小说改编的电视剧播映，金庸再次成为媒体的热门话题，而重新修改他作品的计划，则又引发了读者的大规模争议。看来“隐”亦不易，年过八十的金庸，依然畅游于名与利、文与商、个人与公众、政治与艺术之间，而诸多是非功过，也只能留待后来人评说了。